Фамилия Абайдуллины образована от восточного мужского имени Абайдулла, что в переводе с арабского означает «раб Аллаха». Это одна из многих фамилий, построенных по тюркской модели: к основе, представляющей собой арабское имя, добавляется русский патронимический суффикс -ин. Получается «сын Абайдуллы». По своему строению она аналогична фамилиям Абдуллин, Абдулхаков и другим, где арабское имя или его часть соединяется с русским окончанием.

Корни фамилии уходят в XV–XVII века, в период активных контактов русского населения с тюркскими народами. Сведения о восточном происхождении родоначальника Абайдуллиных в большинстве случаев точны: само имя Абайдулла — прямое указание на исламскую культурную среду. Проникновению таких основ в русские фамилии способствовал исторический факт: среди российских дворян было немало выходцев из Золотой Орды, от печенегов или половцев, которые принимали православие, но сохраняли родовые имена, позже переходившие в фамилии.

Интересная деталь: если в одних семьях фамилия закрепилась в форме Абайдуллин, то в других, особенно у татар и башкир, встречается вариант Абайдуллин с тем же значением. Разница только в русском окончании — -ов вместо -ин. Оба варианта восходят к одному корню, и обе фамилии — памятник восточной письменности и культуры, сохранившийся в русском именослове.