Фамилия Абайдуллин образована от восточного мужского имени Абайдулла. В переводе с арабского оно означает «раб Аллаха» — имя, которое давали в знак глубокой религиозности, подчёркивая смирение перед Богом. Это одна из многих фамилий, появившихся у народов, исповедующих ислам, где имя «Абдулла» (и его варианты) считается одним из самых почитаемых. В тюркской среде имя приобрело огласовку «Абайдулла» — с характерным «ай» в начале, что отражает местное произношение.

Сама фамилия образована по русской модели с патронимическим суффиксом -ин, который присоединяется к основам на -а. Этот суффикс указывает на принадлежность: Абайдуллин — «сын Абайдуллы». Такой способ оформления фамилий был особенно распространён в Поволжье и Приуралье среди татар и башкир, когда в XIX веке у этих народов начали массово закрепляться родовые именования по отцу.

Фамилия Абайдуллин — яркий пример культурного и языкового синтеза: арабское религиозное понятие вошло в тюркский обиход, а затем получило русское грамматическое оформление. Носители этой фамилии чаще всего встречаются в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах, где исторически складывались смешанные тюрко-славянские общины.