Фамилия Абайдулина — яркий пример того, как восточное имя, пройдя через русскую языковую среду, превратилось в фамилию, привычную для нашего уха. Её основа — мужское имя Абайдулла, которое восходит к арабскому корню и переводится как «раб Аллаха». Это один из многих теофорных (содержащих имя Бога) антропонимов, распространённых в мусульманских культурах: к тому же ряду относятся имена Убайдулла, Абдулла, Абдулхак.

В русском языке имя Абайдулла обросло суффиксом принадлежности -ин, который указывает на конкретного человека: «чей?» — Абайдулин. Это типичная модель для фамилий, образованных от имён на -а, -я (ср. Ильин, Никитин). Женская форма — Абайдулина — появилась естественным путём как грамматический вариант.

Интересно, что имя Абайдулла — это не самый частый вариант среди однокоренных «рабских» имён. Чаще встречается Абдулла или Абдул, поэтому фамилия Абайдулин встречается реже своих «собратьев» Абдуллин и Абдулов. Эта редкость может указывать на происхождение рода из конкретной локальной группы, где имя бытовало именно в такой фонетической форме, или на особенности диалекта, смягчившего начальное «Абд-» до «Абай-».

Процесс закрепления фамилий у разных народов России шёл неравномерно. У татар, башкир и других тюркских народов фамилии на -ин/-ов стали массово фиксироваться в XIX веке, после введения всеобщей воинской повинности и переписей населения. Именно к этому времени, вероятно, относится и окончательное оформление фамилии Абайдулина. Окончательно установить точное место и век возникновения конкретной ветви рода можно только в ходе генеалогического исследования — по метрическим книгам и ревизским сказкам той местности, откуда происходят предки.