Фамилия Абидуллин образована от арабского мужского имени Абидулла (в бытовом произношении Абидул). Это составное имя, где первая часть — Абид («поклоняющийся»), а вторая — Улла (от «Аллах», Бог). Полный смысл — «поклоняющийся Аллаху». Такие имена-прославления распространены в исламской традиции, и Абидуллин стоит в одном ряду с фамилиями Убайдуллин, Абдуллин, Гайнуллин, где корень указывает на служение или рабство Богу, но с разными глагольными основами.

Фамилия Абидуллин — это типичная русская патронимическая модель на -ин, которая означает «сын Абидуллы». В русском языке суффикс -ин добавляется к основам на -а/-я, поэтому форма «Абидуллин» — это не арабское окончание, а чисто русский грамматический показатель принадлежности. Встречается написание через двойное «л» — Абидуллин, что закрепилось под влиянием арабской графики, где удвоение передаёт долготу звука.

Географически фамилия бытует преимущественно в среде татар и башкир, а также среди других тюркоязычных народов Поволжья и Урала. В дореволюционных метрических книгах Казанской и Уфимской губерний фамилия фиксировалась с середины XIX века, когда у мусульманского населения начали массово закрепляться наследственные фамилии по отцу. До этого Абидуллиными называли по имени деда или отца, но без фамильной устойчивости.

В отличие от фамилий на -ов, которые преобладают у русских, Абидуллин — пример того, как исламское имя вошло в русскую фамильную систему через суффикс, не меняя корня. Сословно предки носителя фамилии чаще всего были государственными крестьянами или тептярами, реже — служилыми татарами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Спорные версии связывают Абидуллин с тюркским словом «абид» — «благочестивый», но это лишь переосмысление того же арабского корня. Другие гипотезы (например, от имени Абид-Улла с усечением конечного гласного) избыточны: форма Абидул и так является стяжением полного имени, и фамилия образована прямо от неё.