Фамилия Аболтин — это не исконно русская фамилия, а русифицированная форма латышской фамилии Аболтинш (встречаются также варианты Абольтинш и Аболтиньш). Её происхождение напрямую связано с латышским языком и бытом, а не с древнерусскими прозвищами или крестильными именами.

В основе фамилии лежит латышский корень "-ābol-", что означает «яблоко». К этому корню присоединились суффиксы "-t-" и "-iņš". Суффикс "-iņš" в латышском языке изначально имел уменьшительное значение, но со временем закрепился как типичный фамильный суффикс. Таким образом, исходное прозвище Аболтинш могло принадлежать человеку, который профессионально занимался выращиванием яблок на продажу. Есть и более образное объяснение: такое прозвище мог получить человек со свежим, румяным лицом, которое сравнивали с яблоком.

Однако существует и вторая версия, менее растиражированная, но заслуживающая внимания. Согласно ей, в основе фамилии лежит не яблоко, а латышское слово "abolinš", которое переводится как «клевер». В этом случае прозвище носило топографический характер: Аболтиншем могли назвать человека, жившего рядом с клеверным лугом или владевшего таким участком.

Исторические документы подтверждают именно латышское происхождение носителей фамилии. В Книге памяти Республики Башкортостан есть запись о латыше Аболтине Иване Андреевиче, родившемся в 1890 году в деревне Балтика Иглинского района. Из документов Московской области известны другие латыши: Аболтин Емельян Яковлевич (1878 года рождения из Лифляндской губернии) и Аболтин Иван Федорович (1886 года рождения, также из Лифляндии). Эти факты показывают, что фамилия была распространена среди латышских переселенцев, которые обосновались в разных регионах Российской империи, и в русскоязычной среде их фамилия постепенно утратила латышское окончание "-ш", превратившись в привычную форму Аболтин.