Фамилия Аболтина — женская форма мужской фамилии Аболтин. Основной вопрос, который встает перед исследователем: откуда взялась основа «Аболт-»? В русском языке она не встречается ни как самостоятельное слово, ни как корень в обиходной лексике. Это сразу указывает на то, что фамилия, скорее всего, не исконно русская по происхождению, а пришла из другого языка.

Наиболее вероятная версия — прибалтийско-финское или карельское происхождение. В языках этой группы встречается основа abol(t), которая могла быть либо прозвищем, либо производной от личного имени. Например, в карельском языке есть слово abol — «беспомощный», «слабый», «неспособный». Прозвище Аболта могли дать человеку с каким-то физическим недостатком или особенностью характера. Вторая версия — от имени Аболь (Aboli), которое могло быть сокращением от крестильного имени Аполлон или Аполлинарий, адаптированного на местный лад. В этом случае суффикс «-ин» работает по той же модели, что и в русских фамилиях: «чей?» — Аболтин, то есть «сын (или потомок) Аболты/Аболи».

Модель образования фамилии — патронимическая, с типичным русским суффиксом -ин, который крепится к основе на -а. Это говорит о том, что фамилию русифицировали: финно-угорское прозвище или имя оформили по русскому грамматическому шаблону. Географически такие фамилии чаще всего встречаются на Русском Севере, особенно в Карелии, Архангельской области и на Кольском полуострове, где веками шло смешение русского и прибалтийско-финского населения. Носители фамилии Аболтина, скорее всего, потомки крестьян или мещан из этих мест, которые получили фамилию уже после отмены крепостного права или при переписях.

Ударение, судя по произносительной традиции, падает на второй слог: Аболтина, хотя в мужском варианте возможен перенос на последний слог — Аболтин. Фамилия редкая, в списках массовых русских фамилий она не фигурирует, что подтверждает её локальный, диалектный характер. Никаких известных исторических деятелей с такой фамилией не зафиксировано, что тоже типично для фамилий, образованных от местных прозвищ в удаленных регионах.