Фамилия Абунаевы происходит от тюркского прозвища Абунай. В его основе — татарский глагол «абыну», то есть «спотыкаться, оступаться». Скорее всего, прозвище Абунай дали человеку неосторожному, неуклюжему, который часто спотыкался при ходьбе. Такие прозвища по характерной черте поведения — распространённый способ именования в тюркской среде.

Фамилия образована по русской модели с патронимическим суффиксом -ев, который присоединяется к основе на -й. Получается «сын Абуная» — Абунаев. Форма множественного числа Абунаевы указывает на род в целом, на семейную принадлежность.

Точное место и время возникновения фамилии назвать сложно: оформление фамилий у разных народов шло неравномерно и растянулось на столетия. Однако бесспорно, что Абунаевы — памятник восточной письменности и культуры, сохранивший в себе и тюркское слово, и русский способ оформления родового имени.

Стоит обратить внимание на ударение. В фамилиях тюркского происхождения оно часто падает на последний слог: Абуна́ев. Хотя в бытовой речи возможны варианты, исторически верным считается ударение на «а» в суффиксе.