Фамилия Абунаев — одна из тех, что хранят в себе живое прозвище, данное предку по характерной черте. В её основе лежит тюркское прозвище Абунай, которое напрямую связано с татарским глаголом «абыну» — «спотыкаться, оступаться». Так могли назвать человека неосторожного, рассеянного или неуклюжего, который при ходьбе часто терял равновесие. Прозвище цепкое и наглядное: оно не требовало пояснений, потому что описывало заметную особенность поведения.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: к основе Абунай добавили русский патронимический суффикс -ев, который указывает на принадлежность («сын Абуная»). Такое оформление характерно для многих фамилий тюркского происхождения, которые адаптировались в русской среде через форму притяжательного прилагательного. Суффикс -ев, а не -ов, появился из-за мягкого конечного согласного основы.

Фамилия бытует преимущественно у татар и башкир, что подтверждает её корни в тюркской языковой среде. Встречается она нечасто, что делает её ценной для локальной генеалогии — носители, скорее всего, связаны родством с одним общим предком, получившим это прозвище. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках её можно найти в записях по Оренбургской, Уфимской и Казанской губерниям — именно там прозвищные фамилии на -ай/-ей были особенно распространены.

Стоит различать Абунаева и фамилию Абунагимов: последняя восходит к арабскому имени Абу Нагим («отец благоденствия»), тогда как Абунаев — чисто прозвищная, бытовая, без религиозного подтекста. Если первая фамилия указывает на происхождение от уважаемого человека, то вторая — на бытовую наблюдательность окружающих.