Фамилия Афанасенков образована от крестильного имени Афанасий, которое восходит к греческому имени Атанасиа, то есть «бессмертие». Оно вошло в православный именник в память о преподобном мученике Афанасии, который был смотрителем темниц, но защищал православие, за что был сам посажен в тюрьму, а позднее убит. Со временем, вероятно, род Афанасенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов.