Фамилия Афанасенков примечательна тем, что в ней сохранилась память о двух этапах формирования русских фамилий. В основе лежит имя Афанасий — от греческого «атанатос», то есть «бессмертный». В православный календарь имя вошло благодаря святому Афанасию, смотрителю темниц, который пострадал за веру и был казнён. Но интереснее не столько корень, сколько суффиксальная конструкция.

Первоначально фамилия звучала как Афанасенко — с типичным украинским или белорусским суффиксом -енко, который означал «маленький» или «сын». Такая модель была особенно распространена в Левобережной Украине и на юге Белоруссии. Значит, первый носитель этой фамилии был сыном человека по имени Афанасий. Позже, когда род перебрался в великорусские земли, фамилию «обрусили», добавив к ней финаль -ов, чтобы она звучала привычно для местного уха. Так Афанасенко превратился в Афанасенкова.

Двойной суффикс — явление нечастое. Обычно фамилии на -енков встречаются в регионах, где смешивались украинская и русская традиции: на Слобожанщине, в Курской, Воронежской, Белгородской губерниях. Поэтому, скорее всего, предки современных Афанасенковых жили именно на этой исторической границе. Точную дату возникновения фамилии установить сложно — процесс фамилизации растянулся на столетия, но сама фамилия остаётся любопытным свидетельством того, как миграция и языковые контакты меняли облик рода.