Фамилия Афонасев — не просто вариант известной фамилии Афанасьев, а её самостоятельная ветвь, застывшая в письменном виде. Она образована от обиходной формы крестильного имени Афанасий. В греческом «афанатос» означает «бессмертный», но в русской народной речи имя часто редуцировали: ударный слог «на» «съедался», и получалось «Афонасий». От этой формы через патронимический суффикс -ев (он появляется, когда основа оканчивается на мягкий согласный) и пошла фамилия. Афонасев буквально означает «сын Афонасия».

Ключевая особенность — написание с буквой «о» в первом слоге. В XIX веке грамотные писцы нередко «исправляли» фамилию на Афанасьев, считая народное написание ошибкой. Поэтому вариант с «о» — верный признак того, что предки носителя жили в среде, где письменная фиксация шла «на слух», а не по церковным канонам. Такое написание характерно для северных и центральных губерний России, где аканье (произношение «а» как «о» в безударном положении) было менее выражено, и имя сохраняло свой исходный гласный.

Модель образования типична для русских фамилий второй половины XVI–XVII веков, когда отчества на -ов/-ев закреплялись за потомками духовенства, крестьян и посадских людей. Дворянские роды в основном писались через «а» — Афанасьевы. Так что фамилия Афонасев почти наверняка указывает на крестьянское или мещанское происхождение. По сути, эта фамилия — осколок старого произношения, которое вытеснила книжная норма. Её носители могут быть уверены: их предки звали своего родоначальника именно так, по-простому, без оглядки на академическую грамматику.