Фамилия Афонасев — один из тех случаев, когда нестандартное написание сохраняет для нас живую историю произношения. В основе лежит крестильное имя Афанасий (от греческого «афанатос» — бессмертный). Но в русской народной речи имя часто редуцировали: ударный слог «на» «съедался», и получалось «Афонасий». От этой обиходной формы и пошла фамилия через патронимический суффикс -ев (вместо более ожидаемого -ов, потому что основа заканчивалась на мягкий согласный). То есть Афонасев — буквально «сын Афонасия».

Интересно, что в XIX веке грамотные писцы нередко «исправляли» фамилию на Афанасьев, считая народное написание ошибкой. Поэтому вариант с буквой «о» — верный признак того, что предки носителя жили в среде, где письменная фиксация шла «на слух», а не по церковным канонам. Такое написание характерно для северных и центральных губерний России, где аканье (произношение «а» как «о» в безударном положении) было менее выражено, и имя сохраняло свой исходный гласный.

Модель образования типична для русских фамилий второй половины XVI–XVII веков, когда отчества на -ов/-ев закреплялись за потомками духовенства, крестьян и посадских людей. Дворянские роды в основном писались через «а» — Афанасьевы. Так что фамилия Афонасев почти наверняка указывает на крестьянское или мещанское происхождение.

По сути, эта фамилия — осколок старого произношения, которое вытеснила книжная норма. Её носители могут быть уверены: их предки звали своего родоначальника именно так, по-простому, без оглядки на академическую грамматику.