Фамилия Афонечкина — женская форма фамилии Афонечкин, и её разговорный, «домашний» оттенок сразу бросается в глаза. В основе лежит уменьшительно-ласкательная форма имени Афоня, которое восходит к крестильному имени Афанасий (от греческого «бессмертный»). Но ключевая деталь здесь — редкий суффикс -ечк-. Афонечка — это не просто Афоня, а ласковое обращение, которое в прошлом могло быть как семейным прозвищем младшего ребёнка, так и способом выделить конкретного человека среди множества других Афонь.

Модель образования фамилии проста: основа Афонечк- плюс суффикс принадлежности -ин, который в русских фамилиях отвечает на вопрос «чей?» — Афонечкин, то есть «сын Афонечки». Суффикс -ин здесь не случаен: он характерен для имён, оканчивающихся на -а/-я. Интересно, что форма Афонечка, а не более привычная Афонька, встречается реже, что делает фамилию довольно редкой. В говорах северных и центральных губерний России (Архангельская, Вологодская, Костромская) ласкательные формы на -ечк- были особенно употребительны, поэтому географически фамилия могла зародиться именно там.

Фамилия Афонечкин (и её женская форма) не фиксируется в массовых списках дворянских родов — это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где отчество или прозвище переходило в фамилию без изменений уже в XVII–XVIII веках. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые могли образовываться от полных форм, Афонечкин сохраняет именно разговорный, «домашний» оттенок: предок был не просто Афанасием, а именно Афонечкой, человеком, которого так звали в быту. Поскольку имя Афанасий было очень популярно вплоть до XIX века, однофамильцев могло быть много, но именно форма с -ечк- выделяет носителей из общего ряда.

С точки зрения словообразования, фамилия Афонечкина стоит в одном ряду с такими редкими вариантами, как Тимошечкин, Ивашечкин, Стешечкин — все они образованы от уменьшительных имён с тем же суффиксальным элементом. Если сравнивать с более частыми Афониным или Афанасьевым, то Афонечкин звучит архаичнее и локальнее, указывая на конкретную семейную традицию именования.