Фамилия Афонечкин — яркий пример того, как в русской ономастике уменьшительно-ласкательная форма имени превратилась в родовое прозвище. В её основе лежит имя Афонечка, которое, в свою очередь, является производным от крестильного имени Афанасий (в просторечии — Афоня). Двойной уменьшительный суффикс «-ечк-» здесь работает как мощный индикатор нежности и близости: так в семье или в деревне могли называть младшего, любимого сына, внука или просто человека небольшого роста и мягкого нрава. Фамилия, таким образом, означает «чей-то маленький Афоня», то есть потомок человека, носившего это ласковое прозвище.

Словообразовательная модель проста и типична для центральной России: к основе на согласный (-ечк) добавляется притяжательный суффикс «-ин», указывающий на принадлежность. Афонечкин — буквально «сын Афонечки». Такая форма встречается реже, чем стандартные Афонин или Афанасьев, что делает фамилию заметной и локально привязанной. Скорее всего, она закрепилась в среде, где было принято использовать именно эту, самую ласковую форму имени — возможно, в сёлах Владимирской, Костромской или Ярославской губерний, где «акающий» говор и любовь к уменьшительным суффиксам были особенно сильны.

Интересно, что в отличие от фамилий Афонин (от Афоня) или Афанасьев (от полной формы имени), Афонечкин несёт в себе не просто указание на предка, а на его конкретное положение в семейном кругу. Это не «сын Афанасия», а «сын того, кого все звали Афонечкой». Такая фамилия могла возникнуть, если в роду было несколько Афанасиев, и для точной идентификации человека использовали его домашнее, детское прозвище, которое со временем и стало наследственным. Других версий происхождения, кроме как от имени Афанасий, у этой фамилии нет — корень «афон-» в русском языке не имеет иного бытового значения, а отсылки к горе Афон в Греции маловероятны для крестьянской фамилии.

В современном употреблении фамилия редкая, но устойчивая. Её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких близких родов, разошедшихся по стране в XX веке. Поиск по архивам стоит начинать с северо-востока Московской области и прилегающих районов Залесья — там вероятность найти ранние упоминания Афонечкиных выше всего.