Фамилия Агафоночкин — редкий образец трёхступенчатой русской фамилии. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать цепочку: сначала было полное крестильное имя Агафон (с греческого — «добрый», «благой»). От него в быту образовали уменьшительно-ласкательное прозвище Агафоночка — так могли называть ребёнка, младшего в семье или просто любимого человека. А уже к этому прозвищу прикрепили стандартный патронимический суффикс -ин, который отвечал на вопрос «чей?». Получилось Агафоночкин — то есть сын или потомок того самого Агафоночки.

Именно двойной суффикс — редкость. Обычно фамилии строились проще: Агафонов (сразу от имени) или Агафонкин (с одним уменьшительным суффиксом). Здесь же сохранилась промежуточная форма, которая закрепилась в документах. Это говорит о том, что фамилия возникла не по канцелярскому шаблону, а из живого деревенского прозвища. Предок носителя был не просто Агафоном, а именно Агафоночкой — возможно, младшим сыном, человеком невысокого роста или тем, кого в семье выделяли ласковым обращением.

География фамилии узкая. По данным открытых архивов, основные корни Агафоночкиных — в центральных и северных регионах России, особенно в бывших Вологодской и Костромской губерниях. В тех краях крестьянские фамилии часто образовывались от уличных прозвищ, и такая сложная форма могла возникнуть спонтанно, а не по указке писаря. Встречается и вариант написания с «а» на конце — Агафоночкина, что естественно для женской формы.

Социальный контекст тоже прозрачен: Агафоночкины — почти наверняка крестьянский род. Дворянство предпочитало краткие фамилии на -ов/-ев, а двойные уменьшительные суффиксы оставались уделом сельских жителей. Так что за этой фамилией стоит не помещик, а обычный человек, которого в деревне звали ласково, но в метрическую книгу записали строго: чей он сын.