Фамилия Агафонычев — яркий пример того, как русская фамилия «застревает» в прошлом, сохраняя полную форму редкого канонического имени. В основе лежит крестильное имя Агафон (от греческого «агатос» — добрый, хороший). Но не путайте с более частым Агафоном: здесь работает полная форма Агафоний, которая в народной речи звучала как Агафоныч. Отчество от этой формы и дало фамилию.

Суффикс -ев присоединился к основе, оканчивающейся на мягкий согласный (ч). Модель образования классическая для XIX века: сын Агафоныча — Агафонычев. Это «патронимическая» фамилия, то есть указывающая на прямого предка по мужской линии. Если бы предка звали просто Агафон, мы бы имели Агафонов — одну из самых распространённых фамилий в России. Агафонычев встречается куда реже, что говорит о локальном бытовании полного имени.

Интересно, что имя Агафоний (и его производное Агафоныч) было особенно популярно в монашеской среде и среди духовенства. В святцах есть несколько святых с таким именем, включая священномученика Агафоника. Поэтому носители фамилии Агафонычев с высокой вероятностью происходят из семей священно- или церковнослужителей, где любили давать «полные» церковные имена, а не их просторечные варианты. В крестьянской среде такое имя тоже встречалось, но реже.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России, особенно к Вологодчине и Костромской области, где старообрядческая и церковная традиции дольше сохраняли архаичные формы имен. Встречаются варианты написания: Агафонычев и Агафонычов (с ударением на последний слог), но первый вариант считается нормативным.

В современном мире фамилия остаётся редкой. По данным переписей, её носителей — не более нескольких сотен человек по всей России. Это делает Агафонычев не просто фамилией, а маркером конкретной ветви рода, сохранившей память о предке, которого звали не просто Агафон, а именно Агафоний — человек с «хорошим» именем.