Фамилия Агатий — редкий случай, когда угадываются сразу два возможных источника, и оба ведут в разные эпохи. Первый и самый очевидный — крестильное мужское имя Агатий. В переводе с греческого оно означает «добрый, хороший». В святцах это имя встречается, хотя и не часто, так что фамилия могла естественным образом закрепиться за потомками человека по имени Агатий. Но есть и вторая версия, не менее убедительная: искусственное происхождение в семинарской среде.

В духовных училищах XVIII–XIX веков фамилии нередко давали «от камней» — Алмазов, Аметистов, Бриллиантов. Делали это по двум причинам: либо у поступающего ещё не было официальной фамилии, либо его прежняя, природная фамилия (вроде Пьянов или Разгуляев) казалась недостойной будущего сана. В таком случае наставники рекомендовали взять благозвучную и символически нагруженную фамилию. Агатий здесь напрашивается напрямую от названия минерала агат.

Само слово «агат» восходит к названию реки Ахатес на Сицилии — там с древности добывали эту разновидность халцедона. В средневековой Европе агат ценили как мощный оберег: считалось, что он предохраняет от сглаза и ядов, дарует долголетие и здоровье. Особо выделяли чёрные агаты — им приписывали способность давать власть над злыми силами. В семинарской традиции такая символика могла быть вполне уместна: фамилия Агатий звучала не просто красиво, но и как намёк на духовную защиту.

Какая из двух версий правдоподобнее? Если фамилия встречается в старых метрических книгах у крестьян или мещан, скорее всего, перед нами патроним от имени Агатий. Если же носители — выходцы из духовного сословия, особенно в центральных губерниях, где семинарские «каменные» фамилии были распространены, то искусственное происхождение более вероятно. География бытования фамилии Агатий узкая — она не частотна, и в каждом конкретном случае стоит смотреть на сословную принадлежность предков.