Фамилия Агатий ведет свое начало от крестильного мужского имени Агатий, которое в переводе с греческого означает «добрый, хороший». Однако не исключено, что данная фамилия имеет искусственное происхождение. Такие фамилии, как Алмазов, Аметистов, Бриллиантов, возникали в семинарской среде в следующих случаях: - когда человек к моменту поступления в семинарию ещё не имел официально закрепившейся фамилии, а её, тем не менее, требовалось указать в документах; - когда естественно сложившаяся фамилия будущего церковнослужителя ассоциировалась с неподобающими сану вещами (например, Пьянов, Любовников, Разгуляев), семинарские наставники рекомендовали сменить её на более подходящую. Вполне вероятно, что фамилия Агатий связывалась с символикой одного из мистических камней-талисманов — агат. Само название камня происходит от названия реки Ахатес на Сицилии, где с давних пор обнаруживался этот минерал - разновидность халцедона. Издревле считалось, что агат предохраняет человека от сглаза и ядов, дарует его обладателю долголетие и здоровье. Особенно ценились в средневековой Европе черные агаты. Такая разновидность камня могла дать власть над злыми силами, а потому служила оберегом.