Фамилия Ахматьянова — одна из тех, где почти всё говорит о происхождении, но не всё лежит на поверхности. Она образована по самой распространённой в русской ономастике модели: к основе мужской фамилии Ахматьянов добавлен суффикс -а, указывающий на принадлежность женщине. Иначе говоря, Ахматьянова — это «жена или дочь Ахматьяна». Но если убрать окончание, мы видим редкую и сложную основу.

Мужской вариант Ахматьянов восходит к личному имени Ахматьян. Это составное тюркское имя, где первая часть «Ахмат» (от арабского Ахмад — «достойный похвалы», один из эпитетов пророка Мухаммеда), а вторая — «ян» (душа, человек). Таким образом, имя Ахматьян можно перевести как «душа Ахмада» или «человек, прославляющий Бога». Это типично для татаро-башкирской антропонимики, где часто соединяли арабские исламские имена с тюркским компонентом «ян».

Словообразовательный суффикс -ов (в мужской форме) — исконно русский патронимический формант. Он указывает на то, что фамилия закрепилась в русскоязычной среде, скорее всего, в период активной русификации фамилий татарских мурз, башкирских родов или крещёных татар в XVI–XIX веках. Именно поэтому фамилия типична для Поволжья и Приуралья: Башкортостан, Татарстан, Оренбургская и Челябинская области.

В отличие от многих фамилий на -ов, здесь основа не усекается: Ахматьян + ов, а не Ахмать + ев. Это говорит о том, что имя Ахматьян воспринималось как цельное, а не как производное от Ахмат. Встречаются и однокоренные варианты — Ахматьянов, Ахметьянов, Ахматьяров, но в форме Ахматьянова сохранился именно полный вариант имени-основы.

Сословно фамилия могла принадлежать как крестьянам (в том числе государственным и ясачным), так и служилым татарам. В среде тептярей и башкир имя Ахматьян было распространённым, а значит, и фамилия не указывает на конкретное ремесло или прозвище — только на имя предка. Никаких иных версий (от названия местности, от профессии) для этой фамилии не существует: корень прозрачен и не даёт повода для альтернативных гипотез.