Фамилия Акопджанов — редкий пример, где армянская основа получила русский фамильный суффикс. Её ядро — составное личное имя Акопджан, которое складывается из двух частей. Первая, Акоп, — армянский вариант древнееврейского имени Яков (Иаков), и его осмысление в народной этимологии связано с пожеланием «Бог да поможет, да охранит». Вторая часть, Джан (джан), в армянском и тюркских языках означает «душа», «человек», «дорогой», и часто добавляется к именам как ласкательное обращение. Вместе Акопджан можно перевести как «душа, которую Бог охраняет» или «хранимая Богом душа».

Словообразовательная модель необычна. В армянской традиции фамилии чаще образуются с помощью суффиксов -ян, -янц, -уни (например, Акопян, Акопянц). Здесь же к основе Акопджан прирос русский суффикс -ов, который в славянской среде указывал на принадлежность («чей?» — сын Акопджана). Такая гибридная форма — верный признак того, что носители фамилии жили в русскоязычной среде, скорее всего, на Северном Кавказе, в Закавказье или в среде казачества, где армянские имена и прозвища адаптировали под местные паспортные нормы XIX века.

Встречается и написание Акопджаянц — с сохранением армянского патронимического суффикса -янц, но вариант на -ов закрепился в документах чаще. Географически фамилия тяготеет к Краснодарскому краю, Ростовской области и Ставрополью — регионам, где исторически сложились крупные армянские общины. Изначально именование Акопджан могло быть не официальной фамилией, а уличным прозвищем или почтительным обращением к старшему в роду, которое затем закрепилось за потомками.