Фамилия Аксаева чаще всего образована от тюркского мужского имени Аксай. В переводе с тюркского оно означает «хромой». По этой версии, имя давали как прозвище по физической особенности, и со временем оно закрепилось за потомками в виде фамилии.

Существует и другая гипотеза: фамилия могла возникнуть от названия реки Аксай на Северном Кавказе (в Чечне и Дагестане). В таком случае предок носителя фамилии жил на берегу этой реки или в её окрестностях. Эта версия менее правдоподобна, потому что основой фамилий чаще становятся личные имена, а не топонимы. К тому же суффикс -ев указывает на принадлежность к конкретному лицу («чей?» — Аксаев), а не на связь с местностью.

Сама модель Аксай + -ев — типичная для русских фамилий, образованных от тюркских корней. Суффикс -ев присоединялся к основам на -й, что и дало форму Аксаев. Встречаются и однокоренные фамилии: Аксайский (более редкая, с суффиксом -ский, указывающим на географическое происхождение) и Аксайцев (с суффиксом -цев, тоже топонимическим).

Окончательно установить точное место и время возникновения рода Аксаевых можно только на основе генеалогических исследований: фамилия фиксируется в разных регионах, и её носители не обязательно связаны общим предком.