Фамилия Аквильянова — редкий случай, когда в основе лежит не русское, а латинское слово, вошедшее в язык через церковную книжность. Корень — латинское aquila, «орёл». В русских святцах это имя закрепилось в форме Аквила: так звали одного из апостолов от семидесяти, ученика Павла. Именно от канонического имени Аквила пошли фамилии Аквилов, Аквилев, а затем и Аквильянов.

Ключевая особенность — суффикс -ьянов-, который встречается нечасто. Обычно фамилии на -ьянов образуются от имён, оканчивающихся на -ьян (например, Мартьян — Мартьянов), но здесь иная модель. Скорее всего, Аквильянов — вариант фамилии Аквилианов, где соединилась латинская основа и русский патронимический суффикс -ов. Удвоение «л» и появление мягкого знака — результат адаптации на письме: в дореволюционных документах латинские имена часто передавали с «ь» (Аквильян), отсюда и фамилия в такой форме.

Носители фамилии — люди духовного звания или их потомки. В среде семинаристов и священников было принято давать фамилии по именам святых, часто в «латинизированном» виде, чтобы подчеркнуть образованность. Аквильянов мог получить такую фамилию выпускник духовной семинарии, где греко-латинская традиция была сильна. Встречается фамилия и у старообрядцев, но реже — там предпочитали более простые формы вроде Акилов или Акулов.

Географически фамилия тяготеет к центральным губерниям России — Московской, Тверской, Ярославской, где были сильны духовные училища. По переписям XIX века Аквильяновы — почти всегда мещане или лица духовного сословия, крестьян среди них почти нет. Сегодня фамилия остаётся редкой, её носители живут в основном в городах, и связь с семинарским прошлым уже неочевидна, но в слове до сих пор слышится латынь и книжная культура.