Фамилия Аквилов — редкая, но с прозрачной и необычной для России этимологией. В её основе лежит латинское слово aquila — «орёл». От него образовано римское личное имя Аквила (Aquila), известное по Новому Завету: так звали одного из семидесяти апостолов, сподвижника апостола Павла. Соответственно, фамилия могла указывать либо на именование в честь этого святого, либо на прозвище человека, которого сравнивали с орлом за зоркость, гордую осанку или воинственный нрав.

Главная особенность Аквилова — нестандартная словообразовательная модель. Большинство русских фамилий на -ов образованы от крестильных имён (Иван → Иванов) или славянских прозвищ (Волк → Волков). Аквилов же, скорее всего, относится к семинарским фамилиям. В XVIII–XIX веках в духовных училищах и семинариях ученикам нередко давали «благозвучные» фамилии из латыни или греческого, переводя их мирские прозвища или просто наделяя возвышенным смыслом. Так появились Розовы, Любомудровы и — Аквиловы. Сын священника или дьячка, которого в быту звали Орлов, мог при поступлении в семинарию получить латинизированный вариант — Аквилов.

Встречается и версия о происхождении фамилии от обрусевших иностранцев, например, выходцев из Италии, где фамилия Aquila (или Aquilani) известна с XIII века. Однако для русской среды это менее вероятно: суффикс -ов указывает на адаптацию именно на русской почве, а в дворянской среде подобные латинизмы были редкостью. Сословно Аквиловы почти наверняка из духовного звания — такие фамилии не были массовыми, поэтому их носители потомки, как правило, одного или нескольких священнических родов.

Стоит обратить внимание на ударение. В исконной латинской основе оно падает на первый слог — Аквила. В русской фамилии ударение чаще ставят на второй слог: Акви́лов. Вариант А́квилов встречается реже и звучит как искусственная книжная норма, навязанная гимназическим произношением. Географически фамилия разрозненна: встречается в центральных губерниях, на Урале и в Сибири — туда семинаристов направляли служить после окончания училищ, что и объясняет её рассредоточенность по стране.