Фамилия Аквилина — редкая и неочевидная для русского уха. Она не вписывается в типичную модель «Иван — Иванов» или «Кузнец — Кузнецов». Чтобы понять её происхождение, нужно смотреть не на корень, а на суффикс и форму, в которой она закрепилась.

Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от женского имени Аквилина. В русской традиции это имя пришло из латинского Aquilina — «орлица», женская форма от Aquilius (орлиный). В святцах оно известно по мученице Аквилине Старшей, день памяти которой приходится на 13 июня. Фамилия Аквилина — это не «сын Аквилина», а буквально «принадлежащий Аквилине» или «из семьи Аквилины». Форма на -а характерна для украинской, белорусской или южнорусской традиции, где фамилии могли не склоняться по мужскому роду (сравните: Шевченко, Гуляка, Аквилина). Мужчина с такой фамилией — потомок женщины, которую звали Аквилина, или же прозвище, данное по матери.

Есть и вторая, менее вероятная версия. В некоторых говорах слово «аквилина» могло быть искажением или диалектной формой от «аквилон» — так в старину называли северный или северо-восточный ветер (от лат. aquilo). Если это прозвище, то его мог получить человек с резким, холодным нравом или тот, кто жил на открытом ветру месте. Но эта гипотеза слабее: в русских говорах слово не зафиксировано как обиходное, и фамилий от названий ветров почти не образуют.

Географически фамилия Аквилина встречается редко. Основные точки — юг России и восток Украины, а также среди старообрядческих общин, где имя Аквилина было популярнее, чем в синодальной церкви. Сословная принадлежность носителей не прослеживается: это могли быть и крестьяне, и мещане, но точно не дворянство — фамилия никогда не входила в «Бархатную книгу» или родословные сборники.

Если коротко: фамилия Аквилина — это память о женском имени, которое почти вышло из употребления. Носитель такой фамилии — наследник по женской линии, что само по себе нетипично для русской патронимической системы, где фамилии чаще давали по отцу.