Фамилия Аквилина режет слух своей нетипичностью для русской модели «Иван — Иванов». В ней нет привычного патронимического суффикса -ов или -ин, указывающего на отца. Ключ к разгадке лежит не в корне, а в окончании -а, которое выдает нерусскую или нетипичную для великорусского севера модель образования.

Перед нами, скорее всего, фамилия, застывшая в форме женского имени. В основе лежит имя Аквилина, пришедшее из латыни (Aquilina — «орлица», женская форма от Aquilius). В православных святцах это имя связано с мученицей Аквилиной Старшей. Фамилия Аквилина в таком случае означает не «сын Аквилина», а буквально «принадлежащий Аквилине», «из дома Аквилины». Форма на -а характерна для украинской, белорусской и южнорусской традиции, где фамилии могли не склоняться по мужскому роду (сравните: Шевченко, Гуляка). Мужчина с такой фамилией — потомок по материнской линии, что само по себе редкость для патриархальной системы, где фамилии почти всегда давали по отцу.

Существует вторая, куда более слабая гипотеза. В некоторых говорах «аквилина» могло быть искажением латинского «аквилон» — так в старину называли северный или северо-восточный ветер. Если это прозвище, его мог получить человек с резким, холодным нравом или житель открытого продуваемого места. Но эта версия почти несостоятельна: в русских говорах слово «аквилина» в значении «ветер» не зафиксировано как обиходное, а фамилий от названий ветров в принципе почти не образуют.

Географически фамилия действительно редка. Основные точки её бытования — юг России и восток Украины. Заметна она и среди старообрядческих общин, где имя Аквилина было популярнее, чем в синодальной церкви, и держалось дольше. Сословная принадлежность носителей не прослеживается: это могли быть и крестьяне, и мещане. Дворянской эта фамилия никогда не была — её нет ни в «Бархатной книге», ни в родословных сборниках.

Если коротко: фамилия Аквилина — редкий для русской ономастики случай, когда фамилия образована напрямую от женского имени, а не от отчества. Носитель такой фамилии — наследник по женской линии, и его фамилия — почти забытая память об имени, которое в народе часто переделывали в Акулину.