Фамилия Аквилоновы стоит особняком среди русских родовых именований: это искусственное, книжное образование, которое не могло возникнуть в крестьянской или купеческой среде естественным путём. В основе лежит латинское слово aquilo (родительный падеж aquilonis) — так древние римляне называли северный или северо-восточный ветер. В римской мифологии Аквилон был божеством, олицетворявшим эту стихию, и соответствовал греческому Борею.

Фамилию образовали напрямую от этого латинского корня с помощью стандартного русского суффикса -ов, который обычно присоединяется к основам мужского рода. Здесь сработала та же модель, что и в фамилии Розов (от нарицательного «роза» — слова женского рода, но суффикс взяли мужской). То есть грамматика подчинилась книжной логике: имя ветра мужского рода — значит, и суффикс «-ов» уместен.

Кто мог стать Аквилоновым? Скорее всего, выпускник духовной семинарии или академии. В XVIII–XIX веках в среде русского духовенства была распространена традиция давать «говорящие» фамилии, часто на латинской или греческой основе. Аквилонов — типичная семинарская фамилия, благозвучная и возвышенная по смыслу. Её мог получить ученик за успехи в риторике или словесности, а мог взять и сам священник при поступлении на службу, желая выделиться.

В русской поэзии образ аквилона встречается у А. С. Пушкина: «Зачем ты, грозный аквилон, тростник прибрежный долу клонишь?» — строки, которые семинаристы наверняка знали наизусть. Так что фамилия Аквилонов несёт в себе не только античный оттенок, но и отсылку к высокой словесности своего времени.

Фамилия редкая: на всю Россию её носителей — единицы, и почти все они связаны с духовным сословием. Встречается в старых клировых ведомостях и адрес-календарях XIX века. По написанию устойчива: вариант «Аквилонов» — единственно верный, без чередования корня.