Фамилия Аквилонов — редкий пример книжного, искусственного происхождения. Её основа — не прозвище, данное в быту, а латинское слово aquilo (родительный падеж aquilonis), означавшее в Древнем Риме северо-восточный, реже северный ветер. В античной мифологии Аквилон, как и греческий Борей, считался божеством, олицетворявшим эту суровую стихию.

Фамилию образовали по стандартной модели: к основе «Аквилон» добавили патронимический суффикс -ов, который в русском языке закреплён за словами мужского рода. Здесь работает та же логика, что и в фамилии Розов, произведённой от нарицательного «роза», а не от гипотетического мужского имени Роза. То есть Аквилонов — это буквально «сын (или потомок) Аквилона», но не реального человека, а поэтического образа.

Скорее всего, фамилия — семинарская. В духовных училищах и академиях XVIII–XIX веков ученикам нередко давали «благозвучные» фамилии, образованные от латинских или греческих слов, названий ветров, небесных тел, античных божеств. Аквилонов мог получить выпускник, чья прежняя фамилия казалась начальству слишком простой или неблагозвучной. Косвенно это подтверждает и литературный ореол: строки Пушкина «Зачем ты, грозный аквилон, тростник прибрежный долу клонишь?» показывают, что слово было знакомо образованной публике и воспринималось как возвышенное.

Встречается ли фамилия в крестьянской или купеческой среде — вопрос открытый. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Аквилонов не упоминается в числе распространённых, что говорит о её штучном, элитарном по происхождению характере. Носители такой фамилии, вероятно, были людьми книжными: священниками, преподавателями, выходцами из духовного сословия.