Фамилия Алдаганов — одна из тех, где корень не очевиден для русского уха, а значит, искать её происхождение нужно не в славянских наречиях, а в тюркских языках. Основа «алдаган» (или «алдаған») восходит к тюркскому глаголу со значением «обманывать», «хитрить», «вводить в заблуждение». В форме причастия прошедшего времени это слово означает «обманувший», «тот, кто обманул». Соответственно, прозвище Алдаган могли дать человеку хитрому, изворотливому или, наоборот, тому, кого однажды обманули, — в тюркской антропонимии такие «пассивные» значения тоже встречаются.

Модель образования фамилии проста и типична для регионов, где русская фамильная система накладывалась на тюркские имена и прозвища: к основе «Алдаган» добавили русский патронимический суффикс -ов. Буквально Алдаганов — это «сын (или потомок) Алдагана». Такая схема массово работала в XIX — начале XX века, когда тюркские народы Российской империи получали фамилии по отцу или деду через русскую администрацию.

Географически фамилия Алдаганов тяготеет к Волго-Уральскому региону и Северному Кавказу. Наибольшая концентрация носителей фиксируется в Башкортостане, Татарстане, а также среди ногайцев и кумыков. Встречается она и у казахов, но там чаще сохраняется форма без русского суффикса — просто Алдаган.

Стоит упомянуть, что в некоторых тюркских языках, например в казахском, слово «алдаған» может иметь и переносное, смягчённое значение — «ловкач», «плутоватый», но без резко отрицательной окраски. В башкирском и татарском это прозвище фиксируется в документах XVIII–XIX веков. Таким образом, предки современных Алдагановых с высокой вероятностью были людьми с острым умом и не всегда прямолинейным характером — по крайней мере, так их видели окружающие.

По сословной принадлежности единого портрета нет: среди носителей фамилии были и рядовые крестьяне-башкиры, и служилые татары, и казаки. В метрических книгах Оренбургской и Уфимской губерний фамилия встречается с середины XIX века, но не частотно — это не массовая, а относительно редкая фамилия, что дополнительно указывает на её прозвищное, а не «родовое» происхождение от какого-то одного крупного рода.