Фамилия Алдаганова — женская форма, за которой стоит мужская фамилия Алдаганов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или некалендарного имени Алдаган. Чтобы понять её корни, нужно разобраться с тюркским словом, лежащим в основе.

В центре фамилии — корень «алда-». В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском, ногайском) глагол «алдау» означает «обманывать», «хитрить». «Алдаган» — это тюркское причастие прошедшего времени, то есть «обманувший», а также имя со значением «хитрец», «плут». У многих тюркских народов существовал обычай давать детям так называемые «обережные» имена с нарочито неприглядным или нейтральным смыслом. Считалось, что имя-прозвище вроде Алдаган (Обманщик) отпугнёт злых духов, сделает ребёнка незаметным для завистников и убережёт от сглаза. Так что первый носитель этого прозвища, скорее всего, получил его при рождении именно с этой охранительной целью — чтобы рос здоровым.

Русский суффикс «-ов» (в женской форме «-ова») — стандартный патронимический показатель. Фамилию образовали по простой и типичной для XVI–XIX веков модели: имя отца (Алдаган) плюс суффикс принадлежности. Когда татары, башкиры, казахи или ногайцы переходили в русское подданство или впервые фиксировали свою фамилию в документах, к тюркской основе часто добавляли именно это окончание. Так Алдаган становился Алдагановым, а его дочь или жена — Алдагановой.

Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, а также встречается у астраханских и саратовских татар. Она довольно редка, что указывает на локальное происхождение — возможно, от конкретного рода или выходцев из одного селения. В дореволюционных метрических книгах фамилию могли писать через «ять» и с твёрдым знаком на конце (Алдагановъ), но корень оставался неизменным.

Иногда фамилию пытаются связать с арабским именем Алдан (от «адль» — справедливость), прошедшим через тюркское посредничество. Однако эта версия слабая: тюркский суффикс «-ган» ясно указывает на глагольное происхождение слова, а не на заимствованное арабское имя. Фонетика и словообразовательная модель говорят в пользу основного объяснения — «обережного» имени со значением «обманувший» или «хитрый».