Фамилия Алдаганова — женская форма фамилии Алдаганов, а её основа — мужское прозвище или имя Алдаган. Чтобы понять значение, нужно разобрать тюркский корень, на который указывает структура слова.

В центре фамилии — основа «Алда-». В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском, ногайском) глагол «алдау» означает «обманывать», «хитрить». Соответственно, «Алдаган» — это причастие или имя действия со значением «обманувший», «хитрец», «плут». В прошлом у тюркских народов было принято давать детям «обережные» имена с отрицательным или нейтральным смыслом: считалось, что имя-прозвище вроде Алдаган (Обманщик) отпугнёт злых духов и не привлечёт к ребёнку завистников. Так что первым носителем прозвища мог быть человек, которого в детстве назвали Алдаганом именно с этой целью — чтобы рос здоровым и незаметным для недобрых сил.

Суффикс «-ов» (в женской форме «-ова») — стандартный русский патронимический суффикс, который присоединялся к тюркским именам при русификации. Фамилия образована по модели «имя отца + -ов»: Алдаган → сын Алдагана → Алдаганов. Это типичная для XVI–XIX веков история: татары, башкиры, казахи или ногайцы, переходя в русское подданство или просто фиксируя фамилию в документах, получали русское окончание.

Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, а также к астраханским и саратовским татарам. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от конкретного рода или селения. В дореволюционных списках фамилия могла писаться через «о» на конце (Алдагановъ), но корень оставался неизменным.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с арабским именем «Алдан» (от «адль» — справедливость) через тюркское посредничество. Но фонетика «Алдаган» (с долгим «а» и суффиксом «-ган») указывает именно на тюркский глагольный корень, а не на арабское заимствование. Так что версия с «обманным» именем — основная и наиболее правдоподобная.