Фамилия Алексутина образована от имени Алексута — разговорной, «домашней» формы крестильного имени Алексей. В древнерусской традиции имена укорачивали и добавляли суффиксы субъективной оценки: Алексей превращался в Алексу, Алексуту, Алексашку, Лёксу. Суффикс -ут(а) в данном случае — не просто уменьшительный, а скорее фамильярно-бытовой, характерный для северо-западных и псковских говоров (сравните: Ванюта, Петрута, Мишута). Таким образом, Алексута — это «маленький Алексей» или, точнее, «Алексей, которого дома звали Алексутой».

Словообразовательная модель фамилии проста и типична для русского ономастикона: основа на -а, затем притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Алексутина — буквально «дочь (или жена) Алексуты». В русской традиции фамилии на -ин чаще всего получали женщины по отцу или мужу, но в качестве родового прозвания форма закрепилась в женском роде, что не редкость для фамилий, образованных от имён на -а (Кузьмина, Ильина, Фомина). Мужской вариант — Алексутин.

Географически фамилия редкая. По данным современных исследований, основные очаги — Псковская область и прилегающие районы Новгородчины, а также отдельные поселения в Сибири, куда переселенцы из этих земель уходили в XVII–XIX веках. Встречаемость крайне низкая, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, фамилия возникла в одном или нескольких соседних сёлах и не получила широкого распространения. Характерный для псковских говоров суффикс -ут(а) — дополнительный маркер, который привязывает фамилию именно к этому региону, а не к центральной России, где предпочли бы форму Алексин или Алексашин.

Социально предки Алексутиных, судя по всему, относились к крестьянам или посадским людям. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано. Прозвище или мирское имя Алексута не несло негативного оттенка — это просто бытовой вариант имени, который прижился в семье и передался потомкам как фамильное прозвание. Учитывая редкость фамилии, её носители, вероятно, происходят из одного родового гнезда, и современные Алексутины могут быть дальними родственниками.