Фамилия Алексютин образована от имени Алексюта — уменьшительной, обиходной формы крестильного имени Алексей. Это сразу указывает на социальный контекст: в русской традиции полные имена закреплялись за знатью и уважаемыми главами семей, а простых людей, особенно в крестьянской и мещанской среде, чаще называли производными формами. Алексюта — одна из таких форм, наряду с Алёшей, Лёшей, Алексейкой. Со временем имя закрепилось за родом, и суффикс -ин присоединился к основе Алексют-, дав фамилию в значении «чей?» — «сын Алексеюты» или «потомок Алексеюты».

Само имя Алексей восходит к древнегреческому ἀλέξω (alexo) — «защищать», «оберегать», поэтому в основе фамилии лежит значение «оберегающий». Однако, в отличие от фамилий, образованных от полного канонического имени (например, Алексеев), Алексютин — более редкий вариант, характерный для северных и центральных областей России, где уменьшительные имена на -юта встречались чаще (ср. Митюта от Дмитрий, Ванюта от Иван). Суффикс -юта придаёт имени оттенок ласкательности или бытовой простоты, что делает фамилию не просто отчеством, а указанием на прозвищное, домашнее имя предка.

В ономастических исследованиях фамилию Алексютин обычно относят к группе «полуотчеств» — образований, где суффикс -ин присоединялся не к полной, а к усечённой или суффиксальной основе. По модели образования она близка к фамилиям Алексюта, Алексюткин, Алексютов. Встречаемость фамилии невысока, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, родоначальник жил в одной из деревень на севере или северо-востоке России, где такая форма имени была привычной. Документальных подтверждений о дворянском происхождении Алексютиных нет — фамилия оставалась в крестьянской и мещанской среде, без перехода в высшие сословия.