Фамилия Алексюткины образована от личного имени Алексей, но не напрямую, а через его уменьшительно-ласкательную форму — Алексютка. Такие «домашние» варианты имени (Алексютка, Алексашка, Лёкса) были широко распространены в быту, особенно в крестьянской и купеческой среде, где полное церковное имя использовали реже, чем в документах. Получается, что Алексюткины — это буквально «чьи-то люди», потомки человека по прозвищу или домашнему имени Алексютка.

Имя Алексей пришло на Русь вместе с христианством из Византии. Древнегреческое «алексей» означает «защитник», «оберегающий». В святцах это имя встречается часто, поэтому и фамилий, образованных от него, много: Алексеевы, Алексахины, Лёксины, Алёшины. Фамилия Алексюткины стоит в этом ряду особняком. Её отличает редкий суффикс -ютк-, который характерен для северных и северо-западных говоров (ср. фамилии Тимошкин — Тимюткин, Ерёмин — Ерюткин). Это может указывать на то, что корни рода — не в центральных областях России, а, например, в бывших новгородских землях или в Вологодчине.

Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного: «чей сын?» — Алексюткин. Окончание -ин (а не -ов) тоже типично для прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я: Ильин, Кузьмин, Фомин. Поэтому Алексюткин — фамилия не по отцу в строгом смысле, а по «домашнему» прозвищу, которое могло прижиться и передаваться по наследству.

Точное время появления фамилии установить сложно. Массово русские фамилии начали оформляться после отмены крепостного права в 1861 году, но отдельные случаи фиксации «уличных» фамилий по прозвищам встречаются в переписных книгах и писцовых книгах XVII века. Скорее всего, Алексюткины — фамилия относительно поздняя, крестьянская, и её носители не принадлежали к дворянству, а были либо государственными, либо помещичьими крестьянами.

Встретить фамилию можно в разных регионах, но чаще всего она фиксируется в Кировской области, Пермском крае и Удмуртии. Это подтверждает версию о северном происхождении суффикса: переселенцы с Русского Севера осваивали Вятку и Прикамье, принося с собой и свои говоры, и свои фамильные прозвища.