Фамилия Алиппаева интересна тем, что в ней русский фамильный суффикс «приклеился» к тюркскому имени, и получилась необычная конструкция, ломающая привычные славянские шаблоны. В основе лежит мужское имя Алиппай (встречаются варианты Алипбай, Алиппа). Его разбирают на два тюркских корня: «алип» — богатырь, герой, сильный, и «бай» — господин, хозяин, богатый человек. Сложение даёт значение «богатырь-господин» или «сильный владыка».

Сама фамилия — женская форма, мужской вариант — Алиппаев. Суффикс -ев присоединился к основе на -й (Алиппай → Алиппаев) и выполняет грамматическую роль «принадлежности», как в фамилиях Иванов, Петров. Это прямо указывает, что предка звали Алиппаем.

Географически фамилия тяготеет к местам, где тюркские имена смешивались с русской фамильной традицией: Северный Кавказ (особенно Дагестан, Чечня, Ингушетия), Поволжье (Татарстан, Башкортостан) и Казахстан. Там имя Алиппай бытовало и у мусульманских народов, и у казаков, контактировавших с горцами.

В русской письменности фамилию могли записывать с одной «п» (Алипаева) или с двойной — Алиппаева. Двойная «п» чаще встречается в документах, записанных с тюркского произношения, где звук [п] более напряжённый, или как результат слияния корней «алип» + «пай» (где «пай» — доля, часть, что даёт смысл «богатырская доля»). Однако версия с «бай» (господин) считается основной, потому что «бай» — один из самых частых компонентов в тюркских именах.

Социально фамилия не привязана к конкретному сословию: её могли носить зажиточные скотоводы, воины (чья сила отразилась в имени) и простые крестьяне. В XIX — начале XX века, при массовой фиксации фамилий, имя Алиппай уже не было редкостью, и фамилия Алиппаева встречается в метрических книгах и ревизских сказках по Кавказу и Закавказью. В современной России она остаётся малочисленной, но устойчивой, сохраняя память о древнем тюркском имени-пожелании.