Фамилия Алишер не вписывается в типичную русскую словообразовательную модель. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, которые превращают имя или прозвище в фамилию. Это прямое заимствование, а точнее — фамилизированное личное имя, которое бытует в тюркоязычной и ираноязычной среде. Искать её корни в русских писцовых книгах или ревизских сказках бессмысленно: перед нами восточное имя, ставшее фамилией.

Основа имени — «Алишер» — восходит к арабско-персидскому сочетанию. Первая часть, «Али», — имя зятя пророка Мухаммеда, четвёртого праведного халифа, чрезвычайно почитаемого в исламе (особенно у шиитов). Вторая часть, «шер», на фарси означает «лев». Таким образом, имя Алишер можно перевести как «Лев Али» или «Али-лев». Это не случайная метафора: в персидской поэтической традиции «лев» — устойчивый эпитет для воина, вождя, праведного правителя. Али ибн Абу Талиб в мусульманской культуре известен как «Лев Аллаха» (Асадулла). Имя Алишер, по сути, дублирует этот титул, усиливая его.

Самая известная историческая фигура с таким именем — Алишер Навои (1441–1501), великий поэт, мыслитель и государственный деятель тимуридского Хорасана. Его полное имя было Низамиддин Мир Алишер, а Навои — это псевдоним (тахаллус), означающий «мелодичный», «поющий». Именно благодаря его славе имя Алишер стало широко распространено у узбеков, таджиков, уйгуров и других народов Центральной Азии. В XX веке оно стало популярным и в среде казанских татар, башкир.

Фамилия Алишер, скорее всего, образована напрямую от этого имени без каких-либо суффиксов, что характерно для многих тюркских фамилий (ср. Ахмет, Карим, Рашит). Носитель такой фамилии, вероятно, потомок человека, которого звали Алишер — либо в честь поэта, либо по традиции давать ребёнку имя с «защитной» семантикой (лев-воин). В русском контексте фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине (пришёл к Алишеру), и склоняется, если принадлежит женщине (нет Алишеры). Встречается она в России редко, в основном у выходцев из Средней Азии, Татарстана и Башкортостана.

Географически фамилия Алишер не привязана к какому-то одному региону России — это скорее маркер этнического происхождения. Встречаются варианты написания с удвоенной «л» (Аллишер) или с «е» вместо «и» в первом слоге (Алешер), но основной и правильный — через «и».