Фамилия Алишев образована от мужского имени Алиш — краткой формы, которая бытовала в тюрко-татарской среде. Это имя, в свою очередь, восходит к двум основам. Первая часть — «Гали» (от арабского «али» — великий, возвышенный). Вторая часть — «шах» (персидское «повелитель, владелец, хозяин»). В составных именах «шах» придаёт значение «самый лучший», «самый главный». Следовательно, в основе фамилии лежит имя Галишах, которое буквально переводится как «великий повелитель». Алиш — это стяжённая, обиходная форма этого длинного имени, из которой потом и возникла фамилия с типичным русским суффиксом принадлежности -ев (чей? — Алишев).

Есть и другая, менее распространённая гипотеза. По ней имя Алиш — это фонетический вариант имени Галишир, где вторая часть — «шир» (персидское «лев»). В таком случае фамилию Алишев можно осмыслить как «лев великого», то есть могучий, смелый человек. Обе версии указывают на то, что фамилия имеет аристократические или, как минимум, уважительные корни: её давали не простолюдину, а человеку, чьё имя подчёркивало силу или высокое положение.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: основа (Алиш) + патронимический суффикс -ев. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на мягкий согласный или «ш». В татарской и башкирской среде, откуда фамилия, скорее всего, родом, суффикс -ев (а также -ов) прибавлялся к мусульманским именам по русской административной традиции, начиная с XVI–XVII веков, когда местную знать и служилых людей вносили в переписные книги.

Фамилия Алишев распространена в Поволжье и на Урале, особенно среди татар и башкир. Встречается она и у других народов бывшего СССР, исповедующих ислам, но её географический центр — именно Волго-Уральский регион. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках её можно найти как в среде мурз и князей, так и среди государственных крестьян из татар, что говорит о том, что изначально имя было популярно в разных слоях общества, а фамилия со временем стала массовой.