Фамилия Алишина в своей основе имеет мужское имя Алиша — народную, разговорную форму арабского имени Али, которое значит «высокий», «возвышенный», «старший». Суффикс -ш- в русской ономастике — типичный маркер обиходных, уменьшительных вариантов крестильных имён: Гриша от Григорий, Паша от Павел, Алёша от Алексей. Так и Алиша — это некалендарная, бытовая форма, которая сначала закрепилась как прозвище или неофициальное имя, а затем дала фамилию.

Фамилия стоит в женской форме (Алишина), то есть указывает на принадлежность женщине — жене или дочери Алиши. Мужской вариант — Алишин. По модели образования это типичная патронимическая фамилия на -ин. Такая модель характерна не только для русской ономастики, но и для тюркской, и для финно-угорской: основой могло служить любое личное имя, независимо от его происхождения.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ин, восходящих к славянским именам, Алишина имеет явный восточный корень. В прошлом её носители могли быть потомками крещёных татар, башкир или других народов, принявших православие. Имя Али, как и другие мусульманские имена, адаптировалось в русской среде через уменьшительную форму. Однако не исключено, что предок-славянин просто получил прозвище Алиша от тюркского «али» (старший, уважаемый) или напрямую от арабского имени, которое попало в русские земли через торговые и военные контакты.

Географически фамилия Алишина чаще встречается в Поволжье, на Урале и в Сибири — регионах, где веками шло смешение славянского и тюркского населения. В центральных областях России она редка. Встречаются варианты написания с одной «л» (Алишина) и с двумя (Аллишина), но первый вариант исторически более вероятен: в арабском имени «Али» нет удвоенной согласной.

Сословное происхождение определить сложно: фамилия встречается и среди крестьян, и среди мещан, и в купеческих родах. В дореволюционных записях Алишины — это в основном государственные крестьяне или мещане, что говорит о недворянском происхождении в подавляющем большинстве случаев.