Фамилия Алишина образована от мужского имени Алиша — одной из народных, разговорных форм имени Али. В основе лежит арабское имя Али, означающее «высокий», «возвышенный», «старший». Суффикс -ш- в русской ономастике часто появляется в уменьшительных или обиходных вариантах крестильных имен (сравните: Гриша от Григорий, Паша от Павел, Алеша от Алексей). Таким образом, Алиша — это некалендарная, бытовая форма, которая закрепилась в качестве прозвища или неофициального имени, а затем дала фамилию.

Фамилия стоит в женской форме (Алишина), что указывает на принадлежность женщине — жене или дочери Алиши. Мужской вариант — Алишин. По модели образования это типичная «патронимическая» фамилия на -ин, характерная для русской, а также для тюркской и финно-угорской ономастики, где основой могло служить любое личное имя, независимо от его происхождения.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ин, которые восходят к славянским именам, Алишина имеет явный восточный корень. В прошлом носители этой фамилии могли быть потомками крещёных татар, башкир или других народов, принявших православие, где имя Али (как и другие мусульманские имена) адаптировалось в русской среде через уменьшительную форму. Однако не исключено, что предок-славянин просто получил прозвище Алиша от тюркского «али» (старший, уважаемый) или от арабского имени Али, которое могло попасть в русские земли через торговые или военные контакты.

Географически фамилия Алишина чаще встречается в Поволжье, на Урале и в Сибири — регионах, где веками шло смешение славянского и тюркского населения. В центральных областях России она редка. Встречаются также варианты написания с одной «л» (Алишина) и с двумя (Аллишина), но первый вариант исторически более вероятен, так как в арабском имени «Али» нет удвоенной согласной.

Сословное происхождение определить сложно: фамилия встречается и среди крестьян, и среди мещан, и в купеческих родах. В дореволюционных записях Алишины — это в основном государственные крестьяне или мещане, что говорит о недворянском происхождении в подавляющем большинстве случаев.