Фамилия Алискендеров — редкий пример того, как тюркская языковая среда переработала арабское имя и превратила его в русскую фамилию. В основе лежит имя Искандер — арабская форма древнегреческого Александр, то есть «защитник людей». Но в тюркских языках имя усвоилось с начальным «а» и дополнительным элементом «ли» или «лы», который указывает на принадлежность или наличие. Так сложилось Алискендер — буквально «имеющий отношение к Искандеру» или «человек из рода Искандера».

Суффикс -ов в конце — чисто русский патронимический формант. Он указывает на то, что фамилию дали по отцу: Алискендеров — «сын Алискендера». Таким образом, словообразовательная цепочка выглядит так: греческое Александр → арабское Искандер → тюркское Алискендер → русская фамилия Алискендеров. Это типичная модель для фамилий народов Кавказа и Поволжья, которые в XIX–XX веках фиксировались в документах на русский лад.

Географически фамилия тяготеет к Дагестану, особенно к лезгинским и аварским районам, а также встречается у азербайджанцев. В тюркской среде имя Искендер (Искандер) было популярно благодаря легендам об Александре Македонском, которого на Востоке знали как Искандера Зулькарнайна («двурогого»). Форма с «али» могла возникнуть и как стяжение от «Али Искендер» — двойного имени, где первая часть отсылает к халифу Али. В таком случае Алискендер — это не «имеющий Искандера», а сокращенное «Али и Искандер», но это менее вероятно: суффикс -лы/-ли в тюркских фамилиях встречается чаще, чем стяжение.

В русских документах фамилия закрепилась сравнительно поздно, в основном в советское время, когда проводилась массовая паспортизация. Из-за этого написание могло колебаться: встречаются варианты Алискендеров и Алискандров, но первый считается нормативным. Носители фамилии — потомки людей, которые носили личное имя или прозвище Алискендер, и их родовая память уходит в горные селения, где имя Искандер было распространено не меньше, чем в арабском мире.