Фамилия Алькаида — один из тех редких случаев, когда русская по форме фамилия имеет корни, уходящие в арабский мир. Её основа — арабское слово «аль-каид» (القائد), что означает «вождь», «предводитель», «командир». В арабском языке это обычное имя или титул, но в русском контексте оно почти всегда ассоциируется с именем известного пирата и флотоводца XVI века — Кемаль-реиса, которого европейцы называли Камаль Алькаида, или просто Алькаида. Однако фамилия у носителей в России, скорее всего, не имеет прямого отношения к пиратству.

Словообразовательная модель фамилии указывает на её позднее происхождение в русской среде. Окончание -а — это адаптация иноязычного корня к русской грамматике (ср. фамилии типа Абаза, Араба, Алда). Суффикса -ов, -ин или -ский здесь нет, что говорит о том, что фамилия закрепилась в той форме, в которой была записана со слов носителя. Это типично для фамилий, возникших в XIX—XX веках у крещёных татар, башкир или народов Кавказа, где арабские имена и титулы были распространены.

Географически фамилия Алькаида встречается крайне редко. Основные очаги — Поволжье (Татарстан, Башкортостан) и, возможно, Северный Кавказ. В дореволюционных списках она почти не фиксируется, что говорит о её относительно недавнем оформлении. Вероятнее всего, предок носителя фамилии получил прозвище Алькаида за властный характер, лидерские качества или за то, что служил командиром (например, в иррегулярных войсках, где арабская терминология была в ходу). Вторая версия, менее правдоподобная, — что прозвище дали по названию должности сельского старосты или выборного лица, которого в тюркской среде могли иронично называть «алькаидом».

В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые массово образовывались от крестильных имён, Алькаида стоит особняком. Это не патроним, а прямое прозвище, перешедшее в фамилию без изменений. Родственных фамилий в русском ономастиконе практически нет, что делает её уникальной. В словарях Б. Унбегауна или В. Никонова эта фамилия не упоминается, что подтверждает её редкость и локальный характер.