Фамилия Алькина образована от имени или прозвища Алька. Чаще всего Алька — это сокращённая, обиходная форма мужских имён Александр («мужественный защитник»), Алексей («защитник»), Алипий («беспечальный») или Олимпий («олимпиец», то есть «величественный»). Такие уменьшительные имена были широко распространены в крестьянской и мещанской среде, поэтому основатель рода, скорее всего, принадлежал к простому сословию.

Менее вероятно, что в основе лежит женское имя Алька — производное от Алевтины, Аллы или Галины. Если бы фамилия происходила от женского имени, она чаще закреплялась бы за внебрачными детьми или вдовами, но массово такие случаи редки. Поэтому основная версия — мужское имя.

Сама модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Алькин сын, Алькина дочь). Со временем форма закрепилась как родовое прозвание. Географически фамилия встречается в центральных и поволжских регионах России, что подтверждает её происхождение из среды, где были распространены сокращённые варианты полных церковных имён.