Фамилия Алькаев образована от личного имени, и здесь есть две основные версии, причём одна из них заметно убедительнее другой. Согласно первой, в основе лежит диалектный вариант имени Гали — Альк. Имя Гали переводится с арабского как «великий», «наивысший», «могущественный» и в исламской традиции входит в число эпитетов Аллаха. Такая модель — усечение начального звука или слога в заимствованных именах — встречается в тюркской среде нередко: так, из Гали получали Альк, а затем добавляли русский патронимический суффикс -ев (вместо более привычного -ов, что указывает на мягкую основу).

Вторая гипотеза возводит фамилию к имени Алкос, которое с арабского якобы означает «особенный». Однако это объяснение выглядит натянутым: имя Алкос не фиксируется как широко распространённое в тюркских или арабских антропонимиконах, а его связь с фамилией Алькаев фонетически менее прозрачна — проще предположить, что форма Альк возникла из Гали, чем что Алкос превратился в Алькай.

Что интересно: фамилия Алькаев по своей словообразовательной модели типична для русского Поволжья и Приуралья, где в XIX веке активно шёл процесс русификации татарских и башкирских фамилий. Суффикс -ев вместо -ов указывает на то, что исходное имя оканчивалось на мягкий согласный или «й» (Алькай). Такие фамилии чаще встречаются у татар-мишарей и казанских татар, чем у башкир или чувашей. Географически носители фамилии традиционно сосредоточены в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области — это косвенно подтверждает версию с именем Гали, популярным именно в мусульманской среде этих регионов.