Фамилия Алько интересна тем, что в ней почти нет суффикса — всё внимание уходит на корень. В русской антропонимии фамилии на -о без привычных патронимических суффиксов (-ов, -ин) встречаются в основном в украинской среде или в западнорусских землях. Но здесь, скорее всего, перед нами не усечённая форма, а прямая фиксация прозвища или имени, которое и стало фамилией.

Самая очевидная версия — фамилия образована от прозвища Алько. В русских говорах слово «алька» или «аля» могло означать человека неловкого, нерасторопного или, наоборот, того, кто часто ахает и охает, то есть эмоционального, впечатлительного. В некоторых диалектах «алька» — это ещё и детское прозвище, образованное от лепетного «аля» (как «ляля»). Тогда предок мог получить такое прозвище за мягкий характер или за манеру говорить. Эта версия для русского контекста выглядит правдоподобнее других.

Вторая версия ведёт к тюркским корням. У народов Поволжья и Северного Кавказа имя Алко или Алько (уменьшительное от Али, Алхан, Алпамыс) встречается как личное. В этом случае фамилия могла возникнуть у русских крестьян, живших в смешанных регионах — например, в Астраханской или Оренбургской губерниях, где татарские и башкирские имена адаптировались к русскому быту. Прямых указаний на дворянское происхождение нет: фамилия не фиксируется в родословных книгах, что говорит о её крестьянских или мещанских корнях.

Нельзя исключать и вариант, что Алько — это старинное нецерковное имя, сохранившееся в форме отчества без суффикса. В древнерусских документах встречаются прозвища Алка, Алеха, Алко — как самостоятельные имена, данные при рождении. В таком случае фамилия — одна из древнейших по типу, без последующей русификации. Географически носители фамилии Алько встречаются в Беларуси, на западе Украины и в южных областях России, что подтверждает связь с украинской ономастической традицией, где фамилии на -о особенно часты.