Фамилия Аллейнов — редкий случай, когда прозвище или имя, лёгшее в основу, почти наверняка не связано с русским языком. Корень «аллейн» не имеет славянского значения, и это сразу указывает на путь, по которому фамилия могла попасть в русскую среду. Скорее всего, перед нами русифицированная форма иноязычной фамилии.

Разберём словообразовательную модель. Суффикс -ов — один из самых распространённых русских патронимических суффиксов, означающий «чей?», «сын кого?». Он присоединился к основе «Аллейн», превратив её в фамилию. Сама же основа, по всей видимости, восходит к французской фамилии Allein или Alin, которая в свою очередь может быть вариантом имени Alain (Ален). В русском языке французское Alain, лишённое носового произношения, могло быть записано как «Аллейн» или «Аллен», а затем обросло типичным русским окончанием. Таким образом, первый носитель фамилии Аллейнов, вероятно, был сыном человека, которого звали Аллейн (француза, бельгийца или, возможно, выходца из другой западноевропейской страны).

Есть и другая, менее вероятная версия. В русских говорах могло существовать прозвище Аллейный или Аллейка, связанное со словом «аллея» — дорожка в саду или парке. Однако фамилия Аллейнов не образована напрямую от «аллея» (было бы Аллеев или Аллеин). Форма «Аллейн» — это либо искажённое «аллейный» (человек, живущий у аллеи или работающий в парке), либо, что правдоподобнее, заимствованное имя. В пользу иностранного происхождения говорит и редкость фамилии: она почти не встречается в исторических документах по крестьянским и купеческим родам центральной России, что типично для фамилий, принесённых иноземцами на русскую службу.

Фамилия могла появиться в среде обрусевших иностранцев, например, среди офицеров, инженеров или врачей, приглашённых в Россию в XVIII–XIX веках. Их потомки, получив русское подданство и фамилию на -ов, со временем полностью ассимилировались. Таким образом, Аллейновы — это пример того, как чужая фамилия, пройдя через русскую грамматику, стала звучать по-родному, но сохранила память о своём западном корне.