Фамилия Амеркаев ведет происхождение от личного имени Амеркай. Это имя — уменьшительно-ласкательная форма арабского имени Амир (в тюркской передаче — Амер), что значит «предводитель, повелитель». Суффикс -кай в тюркских и мусульманских именах играл ту же роль, что и русский суффикс -к(а): он превращал полное имя в домашнее, ласковое прозвище. Так Амир становился Амеркаем — «маленьким повелителем» или «повелителем-сыном».

Родители, называя сына Амеркаем, вкладывали в имя пожелание: пусть мальчик вырастет достойным своего великого имени, добьется уважения и власти. Фамилия, построенная по русской модели с суффиксом -ев, закрепилась за потомками этого человека: Амеркаев буквально означает «сын Амеркая».

Фамилия бытует в Поволжье, среди народов, исповедующих ислам и говорящих на тюркских языках. Встречается она и у татар, и у башкир, и у представителей других этносов региона. В этой местности модель «арабское имя + тюркский уменьшительный суффикс + русский фамильный суффикс» — обычное дело: так местные ономастические традиции сплетаются в одну фамилию.