Фамилия Амирханян — одна из тех, что прямо говорит о происхождении от конкретного предка. Её основа — мусульманское мужское имя Амирхан, которое вобрало в себя два арабских титула: Амир («предводитель, повелитель») и Хан («правитель»). Сложносоставные имена вроде Амирхана были популярны в тюрко-персидском мире и часто давались мальчикам с пожеланием будущего могущества, богатства и уважения.

Армянский фамильный суффикс -ян (в более архаичной форме -янц) — один из главных маркеров фамилии. Он передаёт значение «из рода» или «из семьи». Поэтому Амирханян буквально означает «из рода Амирхана». В армянской традиции такие фамилии (называемые «азганун») служили указанием на клановую принадлежность, а не на место жительства или профессию.

Стоит обратить внимание на редкую черту: имя Амирхан — арабско-тюркское по происхождению, но фамилия закрепилась именно в армянской среде. Это говорит о тесных исторических контактах народов Закавказья, где личные имена и титулы переходили из языка в язык, а фамилии образовывались уже по местным правилам. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, армянский суффикс -ян не склоняется по падежам, что делает фамилию Амирханян неизменяемой в русском языке.

Встречаются и варианты написания — Амирханянц, где суффикс -янц сохраняет древнюю форму родительного падежа множественного числа, что ещё прозрачнее указывает на родовую принадлежность.