Фамилия Андрусишен — редкий случай, когда украинская патронимическая модель «сын Андруся» получила нестандартное звуковое оформление. В основе лежит мужское имя Андрусь, уменьшительная форма от Андрей. В украинской традиции стандартная фамилия от этого имени звучала бы как Андрусенко, но здесь мы видим окончание -ишен. Это региональная особенность: на западе Украины (Волынь, Ровенская область) и в приграничных районах Беларуси суффикс -енко под влиянием местных говоров или при документальной записи мог переходить в -ишен. Такая же модель встречается в соседних фамилиях: Якименко — Якимишен, Даниленко — Данилишен.

Менее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем Андрусиша — так могли называть жену или дочь Андруся, к которому затем добавили суффикс -ен, обозначающий принадлежность. Однако для фамилий на -ишен типичнее именно патронимическое значение: буквально «сын Андруся», то есть потомок маленького Андрея.

Географически Андрусишен почти не встречается в России, что подтверждает его узкорегиональное происхождение. Сословно предки носителя могли быть как крестьянами, так и мещанами — фамилия образована от простонародной формы имени и не даёт указаний на дворянство или духовенство. Это живой пример того, как одно и то же имя в разных диалектах обрастает разными суффиксами, создавая уникальные фамильные формы.