Фамилия Анисахаров — один из тех редких случаев, когда основа читается прозрачно, а вот механизм её превращения в фамилию вызывает вопросы. В ней отчётливо слышны два компонента: личное имя Анис и тюркское слово «ахар» (акхар, ахыр). Если имя Анис — арабского происхождения (означает «друг», «близкий», «собеседник») и хорошо известно у народов, исповедующих ислам, то вторая часть фамилии заставляет задуматься.

Скорее всего, «ахар» здесь — искажённое или диалектное «ахунд» (ахун, ахунд — высший духовный сан у мусульман, учёный-богослов). В таком случае Анисахаров — это русифицированная форма сложного имени-прозвища Анис-ахун, то есть «Анис-богослов» или «Анис, равный ахуну». Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который в Поволжье и на Кавказе часто присоединяли к восточным именам и прозвищам: Салихов, Назаров, Анисахаров. Менее вероятно, хотя и возможно, что «ахар» — это тюркское «ақыр» (последний) или «ағар» (белый, светлый), но эти версии не дают убедительной смысловой связки с именем Анис.

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону и Закавказью — территориям, где веками жили татары, башкиры, азербайджанцы, активно взаимодействовавшие с русским административным аппаратом. Именно там, при переписях и рекрутских наборах, составные мусульманские имена превращались в фамилии на -ов. Предок-носитель с большой вероятностью был человеком грамотным, возможно, муллой или учеником медресе, при котором закрепилось уважительное прозвище «Анис-ахун».

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на третий слог — Анисаха́ров, хотя в бытовой речи встречаются варианты. С точки зрения словообразования фамилия уникальна: она не вписывается ни в чисто русские модели (нет типичного суффикса -ин или -ский), ни в чисто тюркские (нет суффикса -лы/-лык). Это типичный гибрид, продукт межкультурного пограничья, где арабское имя обрастает тюркским титулом, а затем получает русский фамильный суффикс.