Фамилия Анистратенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Евстрат. Имя Евстрат в переводе на русский язык означает «добрый войн». В основе данной фамилии лежит производная форма этого имени Анистрат. Менее вероятно, что данная фамилия образована от прозвища Анистрат, в основе которого лежит аналогичное нарицательное. Анистратом называют «судебный документ о задолженности за землю». Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Анистратенко занимался судебными делами. Поэтому Анистратенко буквально понималось как «сын Анистрата».