Фамилия Апаев образована от тюркского слова «апа» — «старшая сестра» или «тётя». Это одна из тех русских фамилий, в основе которой лежит не имя, а родственная связь: прозвище Апай могли дать мальчику, которого воспитывала тётка или старшая сестра, либо же так называли самого младшего ребёнка, за которым присматривали старшие. Слово «апа» в разных формах встречается у татар, башкир, казахов и других тюркских народов, поэтому фамилия Апаев, скорее всего, имеет тюрко-татарские корни.

Появление таких фамилий в русской среде связано с XV–XVII веками, когда выходцы из Золотой Орды, печенеги, половцы и их потомки переходили на русскую службу и вливались в состав дворянства и служилых людей. Многие нерусские по происхождению дворяне сохраняли свои родовые имена, которые затем оформлялись по русской модели с суффиксом -ев. Именно так из прозвища Апай возникла фамилия Апаев. Суффикс -ев указывает на принадлежность: сын Апая, то есть потомок человека с таким прозвищем.

Споров вокруг происхождения фамилии почти нет: корень «апа» хорошо известен в тюркской ономастике, и альтернативные версии (например, связь с арабским именем) выглядят натянутыми. Правдоподобнее всего — бытовое прозвище по родству, которое закрепилось за родом. В русских документах фамилия встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, в регионах с давним татарским и башкирским населением.

Словообразовательная модель проста: основа «апа» + фамильный суффикс -ев (а не -ов, что типично для основ на мягкий согласный или -й). По той же модели возникли фамилии Апаев, Апайкин, Апалин — все они отходят от одного корня, но с разными суффиксами и окончаниями. Фамилия Апаев — памятник не столько восточной письменности, сколько живого быта и семейных отношений, где прозвище по родству становилось родовым именем на века.