Фамилия Апаляев на первый взгляд кажется прозрачной, но при ближайшем рассмотрении её корень оказывается редким и нестандартным. Суффикс -ев здесь указывает на происхождение от основы на мягкий согласный или на -й, то есть от прозвища Апаляй. Вопрос в том, что это прозвище означало.

Самая убедительная версия связывает его с диалектным словом «апалый» или «опа́лый». В южнорусских и украинских говорах так называли человека опального, отверженного, того, кто «опал» — утратил прежнее положение, обеднел или потерял здоровье. Суффикс -яй в русских прозвищах (вспомните Лентяй, Гуляй, Бродяй) придавал слову значение деятеля или носителя признака. Таким образом, Апаляй — это «опа́лый», человек, попавший в немилость или бедность. Фамилия, скорее всего, закрепилась за потомками того, кто пережил такую непростую судьбу.

Менее убедительна тюркская версия. В некоторых тюркских языках есть корни вроде «апалай» или «апаляй», которые могут означать «старший брат» или «предок». Но для русского уха такое слово звучит чужеродно, а без документальных подтверждений из конкретных регионов (Поволжья или Приуралья) эта гипотеза остаётся слабой. Фонетика фамилии — с ударением на второй слог и мягким «л» — типична именно для русской диалектной речи.

Географически фамилия Апаляев встречается редко, но заметна в центральных областях России и в Поволжье. Такая локальная распространённость характерна для прозвищных фамилий, образованных от не самых лестных характеристик. В дореволюционных переписях носители этой фамилии, скорее всего, относились к крестьянскому или мещанскому сословию. Само прозвище могло возникнуть в среде, где ценили «положение» и «честь», а его утрату отмечали метким словом.