Фамилия Апалеев — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно разобрать её по составу и отбросить самое очевидное, но ложное предположение.

На слух фамилия кажется тюркской или кавказской из-за сочетания «апа», которое в тюркских языках означает «старшая сестра» или «тетя». Однако русский суффикс -ев указывает на то, что перед нами типичная русская патронимическая модель: «чей?» — Апалеев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Апалей. Основа здесь — не тюркское «апа», а, скорее всего, русское или заимствованное прозвище, которое подверглось фонетической обработке.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с диалектным словом «опалей» или «опалый». В южнорусских и рязанских говорах «опалый» означало «обгоревший», «опаленный», а также «падалица» (упавшие с дерева плоды). Прозвище Опалей могли дать либо человеку со следами ожогов на лице или теле, либо тому, кто занимался сбором падалицы, либо даже крестьянину, чья изба или имущество пострадали от пожара. В фамилии Апалеев произошла типичная для русской ономастики замена безударного «о» на «а» (аканье), закрепившаяся на письме. Таким образом, Апалеев — это потомок Опалея.

Регионально фамилия тяготеет к центральной России и Поволжью. Встречается она нечасто, что говорит о локальном характере прозвища. Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Опалев (от того же корня) встречается заметно чаще, а Апалеев — её акающий вариант, который со временем стал самостоятельным. В некоторых случаях нельзя исключать и версию происхождения от крестильного имени Аполлинарий (в просторечии Аполей, Апалей), но она слабее: прозвищная основа «опалый» дает более прямое и естественное объяснение и форме, и значению.