Фамилия Апалеев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, разбираем её по составу и отбрасываем самое очевидное, но ложное предположение. На слух фамилия кажется тюркской из-за сочетания «апа», которое в тюркских языках означает «старшая сестра» или «тетя». Однако русский суффикс -ев указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Апалеев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Апалей.

Основа здесь — не тюркское «апа», а, скорее всего, русское или заимствованное прозвище, подвергшееся фонетической обработке. Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с диалектным словом «опалей» или «опалый». В южнорусских и рязанских говорах «опалый» означало «обгоревший», «опаленный», а также «падалица» (упавшие с дерева плоды). Прозвище Опалей могли дать человеку со следами ожогов, тому, кто занимался сбором падалицы, или крестьянину, чья изба пострадала от пожара. В фамилии Апалеев произошла типичная для русской ономастики замена безударного «о» на «а» (аканье), закрепившаяся на письме. Таким образом, Апалеев — это потомок Опалея.

Регионально фамилия тяготеет к центральной России и Поволжью. Она встречается нечасто, что говорит о локальном характере прозвища. Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Опалев (от того же корня) встречается заметно чаще, а Апалеев — её акающий вариант, который со временем стал самостоятельным. В некоторых случаях нельзя исключать и версию происхождения от крестильного имени Аполлинарий (в просторечии Аполей, Апалей), но она слабее: прозвищная основа «опалый» даёт более прямое и естественное объяснение и форме, и значению.