Фамилия Абаляев образована от мужского имени Абаляй. Это имя составное и восходит к нескольким корням: «аб» (вариант «абель»), «али» (или «гали») и тюркскому «ай» («месяц»). Компонент «аб» берёт начало от арабского слова со значениями «отец ребенка», «основной владелец», «истинный». Имя Гали — один из эпитетов Аллаха, означающий «великий, возвышенный, могущественный», «превосходящий всех». Древнетюркское «ай» переводится как «месяц». Соединив эти смыслы, имя Абаляй можно истолковать как «великий отец». Скорее всего, родители давали такое имя сыну с пожеланием, чтобы он стал главой большой и крепкой семьи, а его род не прервался.

Сама фамилия Абаляев построена по типичной для русской ономастики модели: к основе имени Абаляй добавили суффикс принадлежности -ев, указывающий на потомка («чей?» — Абаляев). Этот суффикс, наравне с -ов и -ин, чаще всего встречается у русских фамилий, хотя встречается и у украинцев, белорусов, поляков. Таким образом, прямой предок носителей фамилии — человек по имени Абаляй.

Встречается фамилия преимущественно в регионах Поволжья и Приуралья, где исторически были сильны татарское и башкирское влияния, а также среди касимовских татар. Это подтверждает её восточные корни. В документах и переписях фамилия фиксируется с XIX века, хотя само имя Абаляй бытовало раньше.