Фамилия Апетрий — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение неочевидно, и это как раз тот случай, когда стоит начать не с корня, а с модели образования. Фамилия явно книжного, искусственного происхождения: суффикс -ий типичен для фамилий, образованных от латинских или греческих прилагательных (сравните: Адольфий, Юлий, Викторий). В русской народной традиции такие окончания почти не встречаются — крестьянские фамилии чаще заканчивались на -ов, -ин или -ский.

Скорее всего, перед нами фамилия семинарская. В духовных училищах и семинариях XVIII–XIX веков ученикам нередко давали новые, «благозвучные» фамилии, образованные от латинских или греческих слов. Основа «апетр-» восходит к греческому «ἄπετρος» (apetros) — «не имеющий крыльев», «бескрылый». В прямом смысле слово могло означать «лишённый оперения» или «нелетающий». В переносном — человека, неспособного к возвышению, приземлённого. Но в контексте семинарской среды это могла быть и намёк на аскетизм, отказ от мирской суеты, что вполне укладывается в христианскую символику: бескрылый ангел, смиренный служитель.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Апетрий, данного человеку с какими-то физическими особенностями (например, безрукому или с укороченной конечностью — в народной этимологии «бескрылый» могли переосмыслить как «бесплечий» или «безрукий»). Но для русского бытового прозвища форма на -ий слишком искусственна, поэтому семинарское происхождение выглядит убедительнее.

География фамилии крайне узкая. Апетрий встречается в основном в документах XIX века среди духовенства центральных губерний России, особенно в Рязанской и Тамбовской. Известен, например, священник Иоанн Апетрий, служивший в конце XIX века в Тамбовской епархии. Таким образом, предки носителей фамилии почти наверняка были представителями белого духовенства — священниками, дьяконами или псаломщиками, получившими фамилию при поступлении в семинарию.

В советское время фамилия практически исчезла из активного оборота: носители либо сменили её, либо их линии прервались. Сегодня Апетрий — исключительная редкость, и каждый её носитель может считать себя хранителем уникального осколка церковной истории.