Фамилия Апетрий — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение неочевидно. Здесь стоит начать не с корня, а с модели образования. Фамилия явно книжного, искусственного происхождения: суффикс -ий типичен для фамилий, образованных от латинских или греческих прилагательных (сравните: Адольфий, Юлий, Викторий). В русской народной традиции такие окончания почти не встречаются — крестьянские фамилии чаще заканчивались на -ов, -ин или -ский. Форма на -ий выдаёт руку семинарского наставника: в духовных училищах XVIII–XIX веков ученикам нередко давали новые, «благозвучные» фамилии, переделывая греческие и латинские слова.

Основа «апетр-» восходит к греческому «ἄπετρος» (apetros) — «не имеющий крыльев», «бескрылый». В прямом смысле слово означало «лишённый оперения» или «нелетающий». В переносном — человека, неспособного к возвышению, приземлённого. Но в контексте семинарской среды это мог быть и намёк на аскетизм, отказ от мирской суеты: бескрылый ангел, смиренный служитель — вполне в духе христианской символики. Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Апетрий, данного человеку с физическими особенностями (например, безрукому — в народной этимологии «бескрылый» переосмыслили как «бесплечий»). Но для русского бытового прозвища форма на -ий слишком искусственна, поэтому семинарское происхождение выглядит убедительнее.

География фамилии крайне узкая. Апетрий встречается в основном в документах XIX века среди духовенства центральных губерний России, особенно в Рязанской и Тамбовской. Известен, например, священник Иоанн Апетрий, служивший в конце XIX века в Тамбовской епархии. Значит, предки носителей фамилии почти наверняка были представителями белого духовенства — священниками, дьяконами или псаломщиками, получившими фамилию при поступлении в семинарию. В советское время фамилия практически исчезла из активного оборота: носители либо сменили её, либо их линии прервались. Сегодня Апетрий — исключительная редкость, и каждый её носитель хранит уникальный осколок церковной истории.