Фамилия Апратов — случай, когда корень вроде бы лежит на поверхности, но приглядишься — и начинаются варианты. Самый очевидный путь ведёт к греческому имени Апрат, которое в православных святцах известно в форме Апраксий. Это имя носил один из семидесяти апостолов, и в русской традиции оно породило целое гнездо: Апраксин, Апратов, Апратьев. Суффикс -ов здесь работает по типичной модели «чей?» — сын или потомок человека по имени Апрат. Версия прямая и подкреплена знаменитым «родственником» — графским родом Апраксиных.

Но есть и вторая линия, куда более бытовая и менее парадная. В южных и западных говорах слово «апрат» или «апратый» означало «опрятный», «прибранный», «чистый». Это диалектное прилагательное, родственное литературному «опрятный». Если так, то прозвище Апрат давали аккуратному хозяину, человеку, который следит за порядком в доме и одежде. Прозвища по внешним или бытовым чертам — один из самых массовых источников русских фамилий, так что эта версия не менее правдоподобна, чем календарная.

География подсказывает, какая из них весомее. В XIX веке фамилия Апратов встречается в основном в двух регионах — в Курской губернии и на Дону. В Курской губернии, где были сильны малороссийские говоры, слово «апратний» (опрятный) употреблялось активно. На Дону, где селились выходцы из разных областей, фамилия могла закрепиться и по именной, и по прозвищной модели. Но для Апратовых из Черноземья прозвищная версия выглядит убедительнее.

Суффикс -ов — стандартный патронимический, самый частый в русских фамилиях. Он не несёт дополнительной сословной окраски: Апратовыми могли быть и крестьяне, и мещане, и священники. Дворянской ветви с такой фамилией не зафиксировано — в отличие от Апраксиных. Так что обладатель фамилии Апратов с высокой вероятностью ведёт род от человека по имени Апрат (из святцев) или от прозвища Апрат, данного за опрятность. Обе версии рабочие, и окончательный выбор зависит от того, в какой местности жили предки.